フォルダ単位では送信できないので、まず
mkdir コマンドで/homeなどにフォルダを作成し、
コンソール内へドラッグ&ドロップで、一つずつSCPで送信する。
送信し終わった後、実行権限(chmod)を与えることを忘れずに。（実行ファイルであれば）